最重要的一点就是这艘沉船经过一千多年的海水腐蚀，已经有一半的船体被海底的淤泥淹没，而且三艘沉船之间的距离也不是很大。现在根本不知道能不能承受得住海底突然出现的异流，海底的淤泥会不会因为其他船只的打捞发生流动和坍塌，一旦有意外发生，这艘沉船很可能就会被冲散掉，舱内的文物也会因此受到严重的损毁。
而想要打捞起这艘沉船，还得分为好几个步奏来操作。首先需要放下“破坏者”，对整个船体进行清理，基本恢复沉船原本的外观；然后对舱内的环境进行清理，把大量的沉积淤泥等不属于船舱的东西搞出来；之后才可以文物进行先期打捞；然后再放置泡沫压缩包。
这一趟工作做下来，就需要至少半个月的时间，而且是在全员三班倒的不停工状态下进行。
为了保护全部的三艘沉船，唐代沉船的清理工作结束后，还不能把它打捞起来。而是要继续对其它两艘沉船进行清理，待三艘沉船的舱体全部清理完毕，同时进行打捞作业。
另外的两艘沉船沉没的年代比较短一些，船体的清理工作相对也比较轻松，两艘船同时进行清理的情况下，应该在十天左右就可以完成。
这次的沉船位置在两千米以下，船体的打捞难度也要比上一次困难，而且是三艘船同时打捞，难度就要更大一些。
虽然已经经过了“破坏者”的清理，但是舱体内还是会有很多的淤泥留下来，压缩包释放出的泡沫不足以支撑沉船上升到距离水面三百米以内的位置，根据打捞团队的初步预测，在泡沫的极限浮力下，唐代沉船可能会停在距离海面八百米左右的位置，两艘十五世纪的沉船则是要高一些，可能会停在七百米以内。
这一点就是这次打捞作业的第二大难点，藏体内充满泡沫的沉船要比充满海水的沉船更容易被海面以下的暗流推动，而海面下的暗流则是最不可估计和预测的，随时都会因为温度、风力、海底鱼群的游动，甚至是远在上千公里外的一次小小地壳震动或者一股大风所改变。
暗流的流向也是很难确定的，即使在同样的位置放下感应装置，也不过把暗流的流向提前半分钟进行预报，这么短的时间内根本无法对打捞作业进行调整，更不用说成功避开了。
从沉船开始上升，到泡沫的极限浮力位置的这一段，也很可能会有海底暗流的干扰，而且已在深海区域，暗流的流速就越快。沉船遇到暗流后受到的干扰也就越大，偏离预定位置同样也就越远，很可能已故小小的暗流，就会把沉船推移到几十或者上百海里以外，甚至是更远的地方。
这还不是最严重的结果，泡沫压缩包内都装有遥控装置和信号接收装置，只要还在两千公里范围内，就能够通过信号搜索找到具体的位置。最让人担心的，就是沉船被暗流退役的过程中碰上了海底地形变化，一些突起的海底火山和大型礁石很容易就能在碰撞中把沉船弄个粉碎。
在这样的情况下，想要顺利并且完整地把沉船捞上来，就不得不做一些辅助工作了。在泡沫压缩包起爆之前，先将吊臂的钢索甩进两千多米的海底，用钢网早沉船的一头一尾处进行包裹。
由于泡沫的极限浮力在沉船内无法准确预估，同时还要让“破坏者”带着浮筒等候在船体上升路线距离海底几十米处，待沉船经过的时候，随沉船同步上升。
当沉船上升到泡沫的极限浮力位置后，立即把浮筒之间的挂钩和钢网穿过沉船底部进行连接，分次引爆浮筒内的泡沫喷咀，通过浮筒的浮力，把沉船托升到安全位置，以便吊臂继续工作。
这个位置大约会在距离海面一百米左右，这个深度的海水压力和深海相比已经变得很小了，只要沉船在到达这个深度之前没有被解体，剩余的一百米可以说就是绝对安全的。
只要控制好吊臂卷扬机的回收速度，连接好船底的钢网，缓慢且匀速向上提拉，沉船安全出水就可以掰着指头倒计时了。
当然，想要百分之百地把沉船捞起来，还要保证在这个过程中不会再出现上次那样的军匪。