按照郑家军所处的地域，郑勋睿将郑家军分为三块，南直隶为第一块。山东为第二块，陕西为第♎三块，分别以第一军、第二军和第三军称呼。在第一军、第二军和第三军🂦的基础之上，设立旅一级的建制，以一万人左右的军士为一个旅，旅直辖营，每一营依旧是两千人左右的编制。
如此郑家军就形成了以军、旅、营为骨干的编制，不过关于军、旅、营的编制称呼，仅限于郑家军内部，对外是不公开的，💊避免引发皇上和朝廷过度的猜⚛💆忌。☺🄡⚪
第一军、第二军和第三军都是混合型编制。包含有骑兵⚔👊营、神机营、炮兵营、执法营、斥候营、♎骑兵营等等，🔖🀣⚌第一军有专门的女兵营。第二军有专门的水师。
每📑一军之中，单独🞕设立炮兵旅。突出炮兵的重要作用，第二军之中单设水师旅。
南直隶的第一军辖下四个旅，山东的第二军下辖五个旅，陕西的第三军辖下三个旅，⚃🎲🕂每一旅由参将直接指挥，🔖🀣⚌辖下五个到六个营，每一营由游击将军直接指挥。
军、旅、🕈营都需要配备参谋官，由相应级别的军官担任，譬如说军一级的参谋官，必须由副总兵担任，其作用相当于监军，或者说几百年之后的政委。
军官的配置方面，严格要求，不得突破，每一军配备两名🉠🈱副总兵，六名到十名参将，三十名到五十名游击将军，游击🌕⚢将军以下的军官，按照原有的编制♰🌁🟙，不予变动。
郑锦宏依旧🛣🞊💚为郑家军的总兵，统领整🐾🅡个的郑家军，名义上领导郑家军的调查署。
南直隶的第一军，🞕由刘泽清直接指挥，🍔🇴🜱洪欣贵出任总参谋官，山东的第二军，由杨贺直接指挥，王允成出任总参谋官，陕西的第三军，由洪欣涛直接指挥，郑凯涛出任总参谋官。
内心里面，郑勋睿还是很想彻底打破大明军队之建制，重新来进行编制的，不过目前的时机不是特别的成熟，再说郑家军的将士，也不一定能够接受几百年之后的那些称呼，而且在郑勋睿的内心，还是有着浓厚的情节，那就是他率领的军队，将成为全世界的楷模，他所决定的军队的建制，逐🜧🄞⚒渐完善之后，将成为全世界军队效仿的榜样。
郑家军的建制编制完成之后，搬迁到南京秣陵镇的讲武堂，开始👚了又一轮的培训，这一次的培训，郑家军所有的军官都要分批次的参与，培新的时间不长，每一期📇五天左右，重点就是讲解郑家军的建制之变化，以及由于这个变化带来的一系列的变动。
这一次的讲武堂培训，郑勋睿亲自给郑家军的总兵、副总兵、参将以及游击将军授课，他授课的重点，一方面是讲解重新编制郑家军建制的重要性，另外一个方面就是重点讲解参谋官的重要作用了，参谋🇽🝾🐰官不仅仅是承担监军的职责，还要负责🅑🅺军纪军规🚊👬、思想动员等方面的事宜。
按说参谋官由文官出任是最好的，但目前🔭的条🜪🅁件尚不成熟。
郑勋睿非常严厉💓👚的强调了一件事情，那就是郑家军是一个整体，虽然根据地域形势的不同，分为第一军、第二军和第三军，可一旦面临大规模的战斗厮杀，三个军的建制有可能打乱，根据战斗形势的需要临时编制，譬如说第一军有可能指挥第二军辖下的一个到两个旅等等，这样的交叉今后长期存在。
不📑过♶这种打乱建制的⛎🙍🉄交叉，需要郑家军的总兵发布命令。
郑家军同时设立总参谋🜫部，总后勤部和总装备部，凌驾于三军之上，总参谋部、总后勤部和总装备部由郑锦宏、徐望华、马祝葵、罗昌洛、李岩等人组成，郑勋睿亲自负责，总参谋部的主要任务就是决定郑家军对外的征伐、作战部署以及军士的招募等等事宜，总后勤部负责协调征伐所需要🏈😋的粮草以及其他后勤事宜，以及平时的军饷和粮草事宜，总装备部负责火器、战马等等的🞺协调。
郑家军的调查署纳入⛎🙍🉄到总参谋部的领导之下，淮安火器局纳入🔁到总装备部的领导之下，今后的时机成熟了，三总部还将扩充职责🌔。